Обеспечение безопасности дорожного движения остается приоритетным направлением деятельности СПб ГУП «Пассажиравтотранс». Главными принципами, реализуемыми в этом направлении, являются снижение аварийности, повышение надежности водительского состава и применение к нарушителям мер ответственности.

            Два раза в год все водители автобусов проходят обязательные занятия по 20-ти часовой программе повышения квалификации. В автобусных парках на постоянной основе проводятся специальные инструктажи с водительским составом с применением фотоматериалов с мест серьезных ДТП и обучения навыкам поведения в сложной дорожной ситуации.  Для молодых водителей с небольшим стажем в преддверии зимнего сезона проводятся специальные практические занятия. Возрожден институт водителей-инструкторов из числа наиболее опытных водителей в целях профилактической работы с водительским составом.

            В сфере пассажирских автомобильных перевозок «Пассажиравтотранс» первым в Петербурге внедрил автоматизированную систему предрейсового осмотра водителей с целью снижения риска возникновения аварийных ситуаций. Программное обеспечение системы самостоятельно оценивает всю динамику состояний водителя, включает в "группу повышенного риска" водителей, в организме которых возможно развитие заболеваний, не допускает к работе водителей с противопоказаниями. Это максимально повышает объективность информации и исключает субъективные оценки медицинского персонала, проводящего осмотры.

С 1998 года предприятие организует городской открытый конкурс профессионального мастерства водителей автобусов для совершенствования навыков безопасного вождения. Ежегодно проводятся профилактические месячники «Автобусная остановка», «Пешеходный переход», «Осторожно: дети». В рамках месячников проводятся дополнительные инструктажи персонала и выездные рейды на маршруты для контроля за работой водителей.